除了要处理这些上疏的官员，还有翰林院的长官们也要予以处分，王祖嫡作为翰林院的属官，翰林院的长官们平时就没有教导好，也要受到处分，同时一人生病，全家吃药，翰林院风气不正，全体官员一律受罚。
朱载坖下诏，翰林学士掌院事陈思远革职留任，罚俸半年以观后效，翰林院的全体官员罚俸一月，其余上疏申救王祖嫡官员所在衙门的正印也都遭到惩处。
朱载坖在诏书中明确说明了一点，从正德嘉靖以来，朝廷体统不存，小臣放肆妄言，部院重臣受制于所谓舆论，不敢对这些小臣予以处分，朱载坖认为这是极为可笑的事情，朝廷体统不存，大臣威严扫地，朱载坖明确在诏书中说明，小臣肆意攀咬，或者充当朋党鹰犬的，一经发现，追毁出身以来文字，三代不允许参加科举。
即便是科道言官，上疏参劾，也必须言之有物，风闻言事，必将受到惩罚。
同时朱载坖升海瑞为左都御史，从一个举人成为执掌大明风宪的左都御史，海瑞成为英宗朝之后第一个以举人身份跻身正二品部院大臣的人，海瑞上任之后，就向朱载坖上疏了。
海瑞向朱载坖上了一份很长的奏疏，里面是海瑞对于朝廷监察工作的办法，之前张居正已经上疏要求实行考成法，朱载坖也将张居正的奏疏下部院和内阁商量，海瑞认为考成法是应该实施的，但是要让都察院实施考成法，还需要对都察院予以改革。
首先是监察御史的人数，现有的十三道御史显然不足以对于大明各地各衙门进行监察，海瑞首先请求增加监察御史的数量，从熟悉政务的州县官员中考选御史，补充进入都察院。还有就是现在都察院要审计的账目实在是太多了，需要大量的算学人才，海瑞请求将国子监算学科毕业的生员优先补入都察院审计司中。
然后就是对都察院权力的扩张，海瑞认为，朱载坖现在不允许科道御史风闻言事，要求御史劾奏官员必须要言之有物，这是正确的，但是御史们要监察地方官府和朝廷的众多官员，没有足够的权力显然是不行的，所以海瑞请求朱载坖赋予御史们权力，尤其是对掌握证据之后对地方官员采取措施的权力，还有调阅各衙门账目的权力。
最后海瑞要求实行考成法，同时针对各部院各职务制定考成标准，依照考成的结果来决定官员的升迁罢黜。
朱载坖收到海瑞的奏疏之后，御批道：“此议可行，着内阁与各部院商议。”
然后朱载坖先是处理大明国史的问题，陈以勤和潘晟、王世贞向朱载坖列了一个详细的国史大纲，将大明国史在编撰过程中的一些重要问题要说明，当然朱载坖最关心的就是靖难和大礼议部分，陈以勤等人详细向朱载坖说明了国史的编撰思路。
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